隐性结晶紫是结晶紫在生物体内经过代谢转化而成的主要代谢物。结晶紫属于三苯基甲烷类工业染料，自上世纪30年代作为一种体外驱虫剂，杀真菌剂和消毒剂被广泛的用于水产品养殖业。特别是治疗鱼的增殖性肾病(PKD)非常有效。由于动物试验证明，结晶紫对于人畜有潜在的致畸、致癌和致突变作用，鉴于结晶紫的危害性，许多国家都将结晶紫列为水产养殖禁用药物。隐色结晶紫（标准品）主要用于水产品中结晶紫残留量的测定；而乙腈中隐色结晶紫溶液标准物质可用于食品、卫生、环境等领域的隐色结晶紫分析方法的确认与评价、仪器校准与测量质量控制。

结晶紫，又名碱性紫3，是带有金属光泽或深绿色结晶性粉末，溶于水和氯仿，水溶液和乙醇液呈紫色，几乎不溶于乙醚。它们都属于三苯甲烷类染料。结晶紫因具有致癌、致突变、有生殖毒性（CMR），被列入欧盟REACH法规高关注物质（第七批）名单。即苯胺染料或煤焦油染料，种类很多，应用极广。它的缺点是经日光照射容易褪色，苯胺蓝、亮绿、甲基绿等更易 褪色。在制片中注意掌握酸碱度，并避免日光直射，也能经几年不褪色。
结晶紫(英文Crystal violet)是碱性染料，能溶于水（溶解度9%）和酒精（溶解度8.75%）。结晶紫在细胞学、组织 学和细菌学等方面应用极广，是一种优良的染色剂。它是细胞核染色常用的，用来显示染色体的中心体，并可染淀 粉、纤维蛋白、神经胶质等。凡是用番红和苏木精或其他染料染细胞核不能成功时，用它能得到良好的结果。用番 红和结晶紫作染色体的二重染色，染色体染成红色，纺锤丝染成紫色，所以也是一种显示细胞分裂的优良染色剂。 用结晶紫染纤毛，效果也很好。用结晶紫染色的切片，缺点是不易长久保存。

结晶紫是一种三苯基甲烷染料，可以用分光光度技术检测环境和生物样品中的锑。

用作检定铊、锌、锑、钛、镉、钨、金和汞等的试剂