由于乙酰氧肟酸具有-CONHOH 功能团，在医药上，可与尿素酶的镍原子螫合，使尿素酶失活，从而阻止尿素被分解，恢复尿液正常酸碱度，改善磷酸铵镁和含碳酸盐的磷灰石过饱和的生理环境，防止结石的形成及抑制其长大。又由于AHA 具有弱酸性，可使结石逐渐溶解、缩小甚至消失，并且AHA又有一定的抗菌活性，所以目前在临床上已经选用乙酰异羟肟酸来治疗难治性的分泌尿素酶细菌的尿路感染、感染性尿路结石、长期停留导尿管所引起的结石等疾病。

少数患者服用乙酰氧肟酸可有轻度头痛、胃肠道不适、恶心和皮肤瘙痒等，一般不需停药即会自行消失。

乙酰氧肟酸临床用于防治感染性尿石症和尿路感染。用后可使尿液转清，尿量增多，排尿通畅，绝大部分病人尿氨和尿pH值下降，炎症刺激症状减轻或消失。留置尿管、膀胱造瘘者，创口及尿道分泌物等炎症表现消失，管道清洁，无堵塞现象。

原为USP收载用于治疗细菌性胆,肾结石及肝昏迷等症.由于良好的瘤胃微生物脲酶抑制作用,英、美等国于上世纪九十年代初始用于牛、羊等反刍动物营养,以改善瘤胃氨环境,提高蛋白质的转化率,增加粗饲料采食量,降低血液氨浓度,减轻氨应激,增加机体免疫力,收到良好效果.作为瘤胃微生物脲酶抑制剂，用于反刍动物饲料添加剂及医药用于尿素酶抑制研究；作为 Diels-Alder 反应的亲二烯体用于亚硝基羰基甲烷的原位合成有毒物品中毒腹腔-小鼠 LD50:1300 毫克/公斤可燃; 加热分解释放有毒氮氧化物烟雾库房通风低温干燥干粉、泡沫、砂土、二氧化碳, 雾状水