4,6-二羟基-2-巯基嘧啶是合成嘌呤及嘌呤衍生物重要的医药中间体，由于嘌呤分子中6位羟基比较活泼，从它出发可以合成一系列嘌呤及嘌呤衍生物，如:6-琉基嘌呤、2 ,6-二硫基嘌呤、氯代嘌呤、腺嘌呤、硫唑嘌呤、哄喃氨基嘌呤等。

无色结晶。熔点235℃（分解）。溶于热水、醇、醚、碱及碳酸钠溶液，微溶于水。用作电镀添加剂、生化试剂、铑的分析试剂和药物中间体。生化研究。铑的重量分析。用于脂多糖、卡拉胶以及唾液酸定量；也用于检测脂质过氧化物以及脂质氧化作用用于定量检测脂多糖，卡拉胶和唾液酸类;用于检测脂质过氧化氢和脂质过氧化由丙二酸二乙酯与硫脲反应而得。将硫脲溶于甲醇中，加入甲醇钠及丙二酸二乙酯，加热回流4-5h，然后减压蒸馏回收甲醇至尽，冷却后加入盐酸酸化至pH为1-2。放置过夜，析出硫代巴比妥酸结晶，过滤，用水重结晶即为纯品。