4，6-二羟基-2-甲基嘧啶可用作有机合成中间体。该化合物用于生产炸药-1，1-二氨基-2，2-二硝基乙烯（DADNE，FOX7），并且还可以发现其在生物活性物质合成中的应用。

4，6-二羟基-2-甲基嘧啶制备如下：在配备有机械搅拌器，回流冷凝器，温度计和滴液漏斗的反应烧瓶中，放入200ml异丙醇，倒入27g（0.5mol）甲醇钠，并在40-50°C加热直至完全溶解，然后加入20毫升（0.125摩尔）丙二酸酯，混合10-15分钟，然后在剧烈搅拌下分批加入22克（0.373摩尔）乙酰胺。将反应物料快速加热至沸腾并煮沸4小时，然后蒸出溶剂，并在50-60°C的温度下将100ml的水添加到残留物中，沉淀完全溶解。将所得的盐溶液在50÷60°C下用冰醋酸酸化至pH值为5-6，缓慢冷却并在18-25°C的温度下沉降10小时。滤出沉淀的产物，用水（3×30ml），醇（2×20ml）洗涤。获得9.9g（理论值的62.9％）的4，6-二羟基-2-甲基嘧啶，其碱性物质含量为95％。用于医药中间体的合成