全氟己烷的物质结构中只含有氟原子和碳原子，具有较低的化学反应活性，一般条件下不容易参与化学反应，因此它可用作有机化学反应中的非极性有机溶剂在有机化学基础研究中有较好的应用。全氟己烷是一种对氧气（O2）具有高亲和力的、具有良好生物相容性的化学物质，在临床中已被用作人工血液替代品和超声成像造影剂。全氟己烷作为缓解肿瘤缺氧重要的氧气递送媒介已被广泛研究。然而该物质的高疏水性导致其体内半衰期短，无法在肿瘤组织中有效富集。值得注意的是有报道称氟烷修饰材料可以提高该物质的体内稳定性，因为氟烷片段与该物质分子结构相似，可以嵌入全氟己烷液滴中。