5-甲氧基-1H-吲唑-3-甲醛可用作有机合成试剂，其吲唑环上的氮原子可在碱性条件下和碘甲烷发生亲核取代反应生成甲基保护的吲唑衍生物。有相关文献报道该物质可用于吲唑类抗癌活性有机分子的结构修饰与合成过程中。5-甲氧基-1H-吲唑-3-甲醛的分子结构包括一个吲唑环（包含杂环氮原子）和一个醛基（CHO官能团）。这两个结构单元都可以进行多种化学反应，使其成为合成其他有机分子的有力工具。该物质主要用作有机化学中间体，结合其结构中的醛基单元的高化学转化性质，其可用于吲唑类抗癌活性分子的合成。