本品为白色粉状晶体，m.p.116～118℃，不溶于水，溶于甲苯、二甲苯等溶剂。4，6-二甲氧基-2-甲砜基嘧啶是除草剂嘧草硫醚、双草醚、嘧草克等的中间体。作为农药中间体，用于水杨酸嘧啶系列除草剂的合成其制备方法是在反应瓶中加入4，6-二羟基-2-硫甲基嘧啶和三氯氧磷，在氮气保护下反应数小时，减压蒸去过量的三氯氧磷，粗产物水洗得棕色固体为4，6-二氯-2-硫甲基嘧啶。再将该嘧啶放在三口瓶中，加入甲醇钠甲醇溶液，反应数小时，冷却过滤，脱溶，重结晶得白色固体为4，6-二甲氧基-2-硫甲基嘧啶。再在另一三口瓶中加入4，6-二甲氧基-2-硫甲基嘧啶，加入少量催化剂，再加入30%过氧化氢溶液，50℃反应数小时，反应物用乙酸乙酯萃取，脱溶，得成品。