AO分子含有给电子基团二甲胺基，而且环上的氮原子并未参与成键，仍以sp2杂化，与苯环形成n-π共轭，因此，吖啶环上N原子易发生季铵碱反应。AO与H+或OH-相互作用，于是，AO可以看作为具有共轭酸碱型的荧光染料，酸性基团的离解作用或碱性基团的质子化作用，可能改变与发光过程相竞争的非辐射跃迁过程的性质和速率，也会改变AO在水溶液中氢键的形成能力，从而影响化合物的荧光光谱和强度。与双链DNA成发绿荧光复合物,还可与单链DAN或RNA形成发红色荧光复合物.一分子嵌入双链DNA三个碱基对并发最大波长526nm(激502nm)绿色荧光.一分子与单链DNA或RNA一个磷酸基作用形成聚集或堆叠结构,发最大波长650nm(激460nm)红色荧光.被利用检测双链DNA和单链DNARNA.使氩激光激发器,流式细胞仪同时测DNARNA成为可能用作荧光指示剂，肿瘤细胞及细菌、核酸染色剂及移码突变的诱变剂。 吖啶橙是一种荧光色素，吖啶橙激发滤光片波长488nm。阻断滤光片波长515nm。吖啶橙与细胞中DNA和RNA结合量存在差别，可发出不同颜色的荧光（即着色特异性），这是由于DNA是个高度聚合物，吸收荧光物质的位置较少，发绿色荧光，而RNA聚合度低，能和荧光物质结合的位置多，故发红色荧光。