全氟己基乙基磺酸是一种重要的有机合成中间体，作为磺酸类化合物，该物质在医药、香料等领域应用广泛。此外，全氟己基乙基磺酸能吸收300 nm附近的波长， 是一种良好的紫外吸收剂，因此应用于日用化妆品领域。运输全氟己基乙基磺酸前应先检查包装容器是否完整、密封，运输过程中要确保容器不泄漏、不倒塌、不坠落、不损坏。严禁该化合物与酸类、氧化剂、食品及食品添加剂混运。运输途中应防全氟己基乙基磺酸曝晒、雨淋，防高温和碰撞。

全氟己基乙基磺酸是一种非常重要的化工中间体，在制药、功能性色素及高分子等领域的应用日益广泛。特别是近年来，随着生物化工的兴起，由全氟己基乙基磺酸制备的含一系列羰基的一系列化合物已成为多肽合成中重要的氨基保护剂，同时它也是合成药物甲基氯甲酸酯的中间体。随着多肽的广泛应用和新药物的兴起，全氟己基乙基磺酸的用量将会大幅增加，在工业上具有较好的发展前景。