4-氨基-2,6-二氯嘧啶在常温常压下外观为奶油色至淡棕色结晶粉末状，属于杂环芳香化合物，可溶于二甲基亚砜，N,N-二甲基甲酰胺等有机溶剂；在水中溶解性很差，可用作有机合成中间体。4-氨基-2,6-二氯嘧啶是一种手性有机合成的中间体，主要用途是作为分子骨架参与手性药物分子以及生物活性分子的合成中。4-氨基-2,6-二氯嘧啶可以在适当的条件下进行氢化反应得到烷基胺类化合物。此外，嘧啶环上的两个氯原子可以在强的亲核试剂的进攻下发生相应的取代反应，例如和甲醇钠反应可以得到2,6-二甲氧基取代的嘧啶。嘧啶环上的氨基可以和碘甲烷反应得到氨基被两个甲基保护的产物，而嘧啶环上的氮原子不会影响反应。针对4-氨基-2,6-二氯嘧啶的合成，常规的合成方法是从其羟基的前体4-氨基-2,6-二羟基嘧啶出发，在三氯氧磷的作用下经过脱氧氯化过程即可将嘧啶环上的羟基置换成氯单元，需要说明的是，该路线需要高温反应效果才会比较好。此外，反应结束后需要将反应体系调节成弱碱性，防止产物形成盐，导致产率降低。